セルラーゼ関係のリンク集です
CAZy-Carbohydrate-Active-enZYmes セルラーゼをはじめとする糖質関連酵素のファミリーや、セルロース結合モジュールなどのファミリーなどのデータベースです。
SWISS-PROT/TrEMBL 蛋白質の配列のデータベース、ファミリーやモジュールへのリンクが豊富、もちろん情報も満載
CAZypeida 糖質加水分解酵素ペディア各ファミリーの酵素情報満載です
NCBI Nucleotide 塩基配列をさがすのによく使っています。酵素遺伝子を探すのに便利です。
NCBI PubMed 論文をさがすのに使っています。メジャー誌が中心ですが論文をさがすのには便利です。
PROSITE 蛋白質のファミリーとドメインのデータベースです。それぞれのファミリーやドメインのコンセンサス配列とか出ていてます。
ENZYME NOMENCLATURE 酵素の分類のデータベースです。いわゆるECナンバーのリストがあります。ひとくちに酵素といっても沢山あることがわかります。ときどき、ECナンバーがかわったり、なくなったりしますので、論文を書く時は要チェックです。
Protein Data Bank 蛋白質立体構造のデータベースです。いろんなセルラーゼやセルロース結合モジュールの構造がありますので、グルグルと自分のコンピュータ上で回してみてください。ここがクレフト、ここが、サブサイト、ふむふむ、このチロシンがセルロースに結合するのか・・・なんてことになったら、あなたはもうセルラーゼ人です。
Rasmol Rasmolのダウンロードサイトです。ここでRasmolをダウンロードして、PDBからRasmolファイルをダウンロードすれば、あなたのコンピュータのなかで、蛋白質は自由に回ります。上からも下からも。論文では、みることのできない角度から見ることができます。セルロース結合モジュールの構造を結合面から眺めると芳香族アミノ酸が、まるで猫の足の裏のように見えます。
Appl. Environ. Microbiol. online Journal
J. Bacteriol. online Journal
Journal of Biological Chemistry
Proceedings of the National Academy of Sciences of USA
Bioscience, Biotechnology and Biochemistry
ちょっと前の論文でしたらPDFでとれます。セルラーゼにかぎらず、いろんな論文がありますので。三重大学 生物資源学部資源循環学科 微生物工学研究室
嫌気性細菌のセルラーゼを中心に、植物への導入などセルラーゼについて様々な研究をしている研究室です。セルラーゼとは直接関係がありませんが、よく使っているサイトです。
日本DNAデータバンク(DDBJ) 遺伝子の登録をしたり、遺伝子の解析に欠かせない検索ツールがそろっています。またいろんなデータベースへつながっています。
Ribosomal Database Project II リボソーマルRNA配列による細菌の同定などに役立つサイトです。キメラチェックなどの解析ツールや、いろんなソフトのダウンロードサイトにもつながっています。
NCBI Taxonomy Browser 微生物の菌の名前、分類学上での位置とか、その菌で、どれくらいの遺伝子がクローニングされているとか、調べるのに便利なサイトです。
生物遺伝資源センター 微生物の分譲依頼をお願いするところです。IFOを使っていたのですが、こちらに機能が移ったようです。