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微生物の生理機能を解析して応用することを究極の目的としている。微生物の遺伝子解析から得られた情報をもとにして分子遺伝学的な解析を行い,分子育種による微生物の高機能化に役立てるための基礎的研究を行っている。具体的には,嫌気性菌の分子育種法の開発, 遺伝子工学や代謝工学によるバイオマスからバイオエネルギーへの効率的変換に関する研究,糸状菌が生産する有用酵素の遺伝子発現制御機構の解明を通じて酵素の効率的な生産をめざした研究を行っている。